Les interactions fonctionnelles entre le microbiote intestinal et l’hôte sont importantes pour la physiologie de l’hôte, l’homéostasie et la santé durable. Nous avons comparé le muscle squelettique de souris exemptes de germes dépourvues de microbiote intestinal au muscle squelettique de souris exemptes d’agents pathogènes dotées d’un microbiote intestinal. Comparé au muscle squelettique de souris sans pathogène, le muscle squelettique de souris sans germe a montré une atrophie, une diminution de l’expression du facteur de croissance analogue à l’insuline 1 et une transcription réduite des gènes associés à la croissance du muscle squelettique et à la fonction mitochondriale. L’analyse par spectrométrie de résonance magnétique nucléaire du muscle squelettique, du foie et du sérum de souris exemptes de germes a révélé de multiples changements dans les quantités d’acides aminés, y compris la glycine et l’alanine, par rapport aux souris exemptes d’agents pathogènes. Les souris sans germes ont également montré une réduction de la choline sérique, le précurseur de l’acétylcholine, le neurotransmetteur clé qui signale entre le muscle et le nerf aux jonctions neuromusculaires. Une expression réduite des gènes codant pour Rapsyn et Lrp4, deux protéines importantes pour l’assemblage et la fonction de la jonction neuromusculaire, a également été observée dans le muscle squelettique de souris exemptes de germes par rapport aux souris exemptes d’agents pathogènes. La transplantation du microbiote intestinal de souris exemptes d’agents pathogènes dans des souris exemptes de germes a entraîné une augmentation de la masse musculaire squelettique, une réduction des marqueurs d’atrophie musculaire, une amélioration de la capacité métabolique oxydative du muscle et une expression élevée des gènes d’assemblage de la jonction neuromusculaire. a également été observé dans le muscle squelettique de souris exemptes de germes par rapport à des souris exemptes d’agents pathogènes. La transplantation du microbiote intestinal de souris exemptes d’agents pathogènes dans des souris exemptes de germes a entraîné une augmentation de la masse musculaire squelettique, une réduction des marqueurs d’atrophie musculaire, une amélioration de la capacité métabolique oxydative du muscle et une expression élevée des gènes d’assemblage de la jonction neuromusculaire. a également été observé dans le muscle squelettique de souris exemptes de germes par rapport à des souris exemptes d’agents pathogènes. La transplantation du microbiote intestinal de souris exemptes d’agents pathogènes dans des souris exemptes de germes a entraîné une augmentation de la masse musculaire squelettique, une réduction des marqueurs d’atrophie musculaire, une amélioration de la capacité métabolique oxydative du muscle et une expression élevée des gènes d’assemblage de la jonction neuromusculaire.Rapsyn et Lrp4 . Le traitement de souris sans germes avec des acides gras à chaîne courte (métabolites microbiens) a en partie inversé les déficiences des muscles squelettiques. Nos résultats suggèrent un rôle du microbiote intestinal dans la régulation de la masse et de la fonction des muscles squelettiques chez la souris.