La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative complexe et mortelle. La physiopathologie de la maladie est incomplètement comprise, mais les preuves suggèrent qu’une dysbiose intestinale se produit dans la SLA, liée à une intégrité gastro-intestinale altérée, une dérégulation du système immunitaire et une altération du métabolisme. Le microbiome intestinal et le métabolome plasmatique ont été étudiés séparément dans la SLA, mais on sait peu de choses sur les corrélations entre le microbe intestinal et les métabolites plasmatiques, qui pourraient identifier des biomarqueurs robustes de la maladie et potentiellement fournir des informations mécanistes. Ici, les modifications du microbiome intestinal ont été profilées longitudinalement dans la SLA et corrélées au métabolome plasmatique. La structure microbienne intestinale au niveau du phylum différait entre les participants SLA et les participants témoins, avec une abondance différentielle de plusieurs genres distincts. Le regroupement non supervisé des niveaux de microbes et de métabolites a identifié des modules, qui différaient de manière significative entre les participants SLA et les participants témoins. L’analyse du réseau a révélé plusieurs variantes importantes de la séquence d’amplicons fortement liées à un groupe de métabolites, principalement des lipides. De même, l’identification des caractéristiques qui ont le plus contribué à la séparation cas/témoin a permis d’identifier plusieurs bactéries corrélées à des métabolites, principalement des lipides. La randomisation mendélienne a indiqué une causalité possible avec des lipides spécifiques liés au métabolisme des acides gras et de l’acylcarnitine. Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les cas de SLA et les témoins diffèrent par leur microbiome intestinal, qui est en corrélation avec les métabolites plasmatiques, en particulier les lipides, à travers des genres spécifiques. Ces découvertes ont le potentiel d’identifier des biomarqueurs robustes de la maladie et d’apporter des informations mécanistes sur la SLA